Právě on byl nejvíce ovlivněn zásadní osobností tehdejšího světového sochařství, jíž byl francouzský umělec Auguste Rodin. Ten dokázal umně skloubit Michelangelovský zápas s novou citlivostí člověka industriálního věku a dal příklad stovkám mladých po celém světě. Mařatka v jeho pařížském ateliéru strávil víc jak dva roky a měl i neutuchající zásluhu na pořádání Rodinovy výstavy v Praze v pavilonu Mánesa roku 1902. Ostatně jako člen Spolku výtvarných umělců Mánes si vzal za své i organizaci Rodinovy pouti na Slovácko, kde slavný Francouz zvolal známé „To je Hellada“ na oslavu mocného vjemu lidové kultury zachycené též na dobových obrazech Joži Uprky. A podobně pak roku 1909 připravil výstavu Antoina Bourdella, která význačně ovlivnila vývoj sochařství u nás. Za války vypracoval portréty několika generálů, po válce jezdil často na studia do Itálie a Francie. Od roku 1920 byl profesorem Uměleckoprůmyslové školy po zemřelém Stanislavu Suchardovi, s jehož rodinou ale udržoval celoživotní přátelství a s oblibou pro děti hrával loutkové divadlo.
Mařatka byl suverénní modelér, vytvářel řadu drobných modelet, z nichž jen některé převedl následně do větší formy. Živost a spontaneita jeho raných děl byla po roce 1920 obohacena o vliv novoklasicismu, třebaže právě Mařatka si udržel až do posledka jistý impresívní nerv pohledu na sochu. Spolupodílel se významně na přípravě a realizaci Palackého pomníku v Praze, na sochařské výzdobě Nové radnice na Mariánském náměstí, na Husově pomníku na Staroměstském náměstí a na dalších kolektivních aktivitách generace Myslbekových žáků.
Z jeho slavných děl jmenujme:
Ledaři na Vltavě 1900, Opuštěná Ariadna 1903, Inteligence 1910, Drama Hudba 1911-1913, sochy pro Hlávkův most 1914, Antonín Dvořák 1914, Polibek 1921, Památník pod Emauzy s názvem Praha svým vítězným synům 1927-1932
Mnohokráte provedl portrét či postavu TGM, a to i pro San Francisco.
Josef Mařatka je pochován na Olšanských hřbitovech VI.hřbitov, oddělení 7a, hrob 52.